Maaş ve Tahakkuk Şube Müdürlüğü, akademik ve idari personelin maaş işlemlerini(maaş, maaş farkı - ek ödeme, icra kesintileri, fazla mesai, yurt dışı aylıkları, öğrenim harcı, sağlık sigortası, taahhütname giderleri, ücretsiz izine ayrılanların sağlık sigorta primini hesaplama, bordro hazırlama ve kesenek işlemleri, kişi borçlarını hesaplama) yapma, akademik ve idari personelin intibak (öğrenim, SSK, borçlanma) işlemlerini yapma, yabancı dil tazminat işlemlerini yapma, nüfus ve adres değişikliği işlemleri ve benzeri görevleri yürütmektedir.